(一)民國93年8月1日改名大學，校名為國立臺南大學。

(二)首任校長：黃政傑博士。

(三)變遷：

    1.民國93年8月

     (1)獲行政院及教育部核定，自8月1日起改名為「國立臺南大學」。8月3日舉行改名揭牌儀式，行政院葉副院長菊蘭蒞臨致詞。

     (2)教學單位分設教育學院、人文學院、理工學院等三學院。

     (3)成立科技管理研究所碩士班、生物科技學系、資訊工程學系、數位學習科技學系。

     (4)國民教育研究所改名教育經營與管理研究所，美勞教育學系改名美術學系。

     (5)新設生物科技系、數位學習科技系、資訊工程系、科技管理研究所，並自8月起正式招生。

    2.民國93年9月21日，榮譽教學中心啟用典禮(台南市榮譽街忠孝國中舊址)。

    3.民國93年10月26日，法國里昂大學校長蒞臨本校暨簽訂合作意願書。

    4.民國94年2月，首任教育學院院長為洪教授碧霞、首任理工學院院長為黃教授國禎。

    5.民國94年5月，與台南縣建功國小簽訂「專業發展合作學校」並設立七股生態調查站。

    6.民國94年8月

     (1)首任副校長為林教授正文。

     (2)成立通識教育中心、校友服務中心、創新育成中心。

     (3)94學年度增設通訊工程研究所碩士班、系統工程研究所碩士班、電子工程學系、環境與能源學系，理工學院共7個學系、5個獨立研究所。

     (4)首任人文學院院長為張教授清榮。

     (5)教育部審核通過本校遷校計畫書。

     (6)調整裁撤實習輔導處，其員額與業務分別移轉至校友服務中心、教務處和研究發展處。

    7.民國94年11月18日，法國里昂大學副校長蒞臨本校簽署合作書。

    8.民國94年11月22日，法國尼斯大學校長蒞臨本校簽署合作書。

    9.民國94年11月本校經教育部核定遷校七股，可帶動原台南縣、台南市安南區、北區經濟繁榮。

   10.民國94年11月教育部函准本校原台南市府城校區可保留教學行政空間主要部分，對原台南市中、西區將不會有所影響，可謂台南縣市雙贏。

   11.民國95年2月，黃秀霜教授接任副校長。

   12.民國95年5月18日，法國第八大學校長等蒞臨本校簽署合作意向書。

   13.民國95年8月

     (1)成立環境與生態學院。

     (2)環境與生態學院首任院長為鄭教授先祐。

     (2)增設生態旅遊研究所、輔助科技研究所、重度障礙研究所、諮商與輔導學系、行政管理學系、文化與自然資源學系。

     (3)增設英美語文學系、戲劇創作與應用學系。

     (4)系所改名者有：材料科學系（原為自然科學教育學系）、國語文學系（原為語文教育學系）、音樂學系（原為音樂教育學系）。

     (5)資訊教育研究所與數位學習科技學系整併，更名為數位學習科技學系碩士班、博士班。

     (6)語文所、運健所、視覺所、應數所、諮輔所、科傳所及戲劇所均改名為系所合一之碩士班。

     (7)成立教師教學專業發展中心。

   14.民國95年12月，成立藝術特區，頒發創校以來第一個名譽博士學位予柏楊（郭衣洞）先生。

   15.民國96年1月與大同國小簽訂「專業發展合作學校」。

   16.民國96年1月與南科路竹園區新揚科技公司簽署產學合作合約。

   17.民國96年2月1日

     (1)成立藝術學院，首任院長為李教授德淋。

     (2)進修推廣部整併於教務處，教務處新設進修推廣組，專責進修推廣教育工作。

   18.民國96年3月，柏楊先生捐贈文物及手稿。

   19.民國96年5月，七股校區委託營建署南區工程處代辦。

   20.民國96年6月

     (1)頒發馬水龍教授及歐陽教教授名譽博士學位。

     (2)大同研發及實驗中心啟用。

     (3)成立「柏楊文物館」。